A Federação Médica Brasileira irá se organizar e se unificar em torno dos seguintes princípios:

Democracia participativa. Entendida como respeito e estímulo à participação de todos os sindicatos médicos integrantes no processo de tomada de decisão interna e respeito às particularidades regionais. Na FMB buscaremos exercitar o consenso progressivo, respeitando a autonomia dos sindicatos;

Unidade na diversidade. A força da FMB estará na sua unidade em torno de princípios democráticos e fundada na diversidade de opiniões e experiências de cada sindicato integrante. Esta diversidade, unificada nos propósitos fundamentais da entidade, é o amálgama que nos dará força e efetividade nas ações. Ao mesmo tempo nos comprometemos a respeitar as opções ideológicas de cada integrante em nome do livre arbítrio;

Compromisso com o médico, a medicina e a saúde. O compromisso fundamental dos integrantes da Federação é com o médico, com a medicina e com a saúde. Entretanto, toda e qualquer luta fora destes compromissos será respeitada. A cidadania deverá ser exercida, individualmente, através dos canais próprios do Estado Democrático de Direito;

Independência e autonomia. Os integrantes da FMB assumem o compromisso de lutar e praticar a plena independência política em relação aos governos e partidos mantendo o compromisso com a luta dos médicos por melhores condições de trabalho, boa remuneração e dignidade no exercício da profissão;

Compromisso com o povo brasileiro. Compromisso com o povo brasileiro tanto na luta por um Sistema Único de Saúde de qualidade, integral, equitativo e com acesso universal bem como com os princípios da democracia com promoção da justiça social e defesa dos direitos humanos.